Les instituions politiques sont celles d'une monarchie élective absolue (accède au « trône » par une élection et non de façon héréditaire) et d'une théocratie. (Théocratie signifie « gouvernement du Dieu », le titulaire de la souveraineté est la divinité). Celui à la tête de l'Église catholique romaine est le pape qui est actuellement Benoît XVI. Il exerce l'autorité exécutive, législative et judiciaire suprême.
C'est le conclave qui élu un prédécesseur, il est composé d'électeurs cardinaux de nationalités diverses et ils ne sont pas des citoyens du Vatican. Donc cela fait du Vatican l'un des rares États du monde où les citoyens ne sont pas appelés à élire de représentant au gouvernement.
Le pouvoir législatif est délégué par le pape à la Commission pontificale pour l'État de la Cité du Vatican. La Commission formule des lois, qui sont soumises seulement à l'approbation du pape en tant que chef d'État. Le pouvoir exécutif est délégué au Gouvernorat de l'État de la Cité du Vatican, et il est exercé par le président de la Commission pontificale. Qui est actuellement Giovanni Lajolo. Le pouvoir judiciaire est délégué au Tribunal suprême de la Signature apostolique.
L'État de la Cité du Vatican n'a pas de politique étrangère. Le Saint-Siège, qui est officiellement distinct de l'État de la Cité du Vatican, possède une politique étrangère, participant aux organisations internationales, il signe des traités et nommant des nonces apostoliques.